冲绳历史上是琉球王国的所在地。除日本本土外自古以来与中国、朝鲜及东南亚国家保持紧密的文化交流和海外贸易，并和上述国家的风俗文化、食物、材料、建筑风格有很大的差异。
古琉球王国于洪武年间向明王朝朝贡。明末（1609 年）因为受到日本九州岛的萨摩藩入侵，王国被迫转向该藩朝贡，从而进入日本令制国体系。1872年明治政府废藩置县将琉球国 ( 日本古令制国 ) 废止，先为琉球藩，后于1879年改设冲绳县。
冲绳岛战役是第二次世界大战太平洋战场中规模最大的登陆作战，此战役发生在1945年3月底至6月。这场战役在英文被称为「Typhoon of Steel」，在日文被称为「铁雨」（铁の雨，tetsu no ame）或「铁暴风」（铁の暴风，tetsu no bōfū）。这些代号代表战斗之激烈程度、火力之密度及盟国参战之战舰及车辆的庞大数量。日军的顽强抵抗造成双方均伤亡惨重，在日军保卫全岛的战事中最少有150,000人死亡，当中有不少是冲绳的平民，有历史学者指日军曾强逼或诱使许多原住民集体自杀，但该说法在日本教科书被删除，引发争议。[1][2]

冲绳是日本在第二次世界大战期间唯一遭美国军队登陆的地区，1945年美军占领冲绳。战后日本投降，冲绳由于战略位置优，故此在1945年至1972年期间由美国管治，驻日美军亦在此设有基地。
《波茨坦公告》第8条的补充规定：“开罗宣言之条件必将实施，而日本之主权必将限于本州岛、北海道、九州岛、四国及吾人所决定其它小岛之内。” 在1951年的《旧金山和约》中规定日本虽拥有琉球的主权，但行政权归属美国。直接相关国家，无论是中华民国还是中华人民共和国均未出席签署该和约。 1972年（昭和47年）5月15日美国将冲绳行政权交还予日本，但美军仍然驻守其在冲绳建立的军事基地至今。现在，75%冲绳人都认为冲绳应该独立，少数的人认为冲绳属于日本，但应该拥有自治权